Kızkulesi ile ilgili anlatılan ilk hikaye; Ovidius'un kaydettiği bir aşk hikayesidir. Hero ile Leandros adlı iki gencin hüzünlü aşkını anlatan bu hikaye, Hero'nun kuleden ayrılmasıyla başlar. Hero Afrodit'in rahibelerindendir ve aşka yasaklıdır. Yıllar sonra Afrodit'in tapınağında yapılan bir törene katılmak için kuleden ayrılır ve orada Leandros ile karşılaşır. Birbirine aşık olan iki genç, Leandros'un gece kuleye gelmesi ile aşklarını kutsarlar. Kızkulesi her gece iki gencin gizli aşkına ve yasak sevişmelerine tanıklık eder. Leandros'un yüzerek kuleye geldigi fırtınalı bir günde Hero'nun yaktığı sevda ateşinin feneri söner. Karanlıkta yolunu kaybeden Leandros boğazın sularına gömülür. Sevgilisinin öldüğünü gören Hero da kendini Kızkulesi'nden boğazın sularına bırakır.
Kavuşamayan aşıklara atfen anlatılan bu hikayeden başka bir de; Kleopatra'nın sonuna benzer bir sonun anlatıldığı yılan hikayesi vardır. Kehanete göre kralın birine, çok sevdiği kızı 18 yaşına geldiğinde bir yılan tarafından sokularak ölecegi söylenir. Bunun üzerine kral denizin ortasındaki bu kuleyi onararak kızını buraya yerleştirir. Kaderin kaçınılmazlığını kanıtlarcasına, kuleye gönderilen üzüm sepetinden çıkan bir yılan, prensesin tenine süzülerek zehrini boşaltır. Kral, kızına demirden bir tabut yaptırarak Ayasofya'nın giriş kapısının üstüne yerleştirir. Bugün bu tabutun üstünde iki delik vardır. Yılanın, ölümünden sonra da onu rahat bırakmadığına dair hikayeler anlatılır.
En son anlatılan hikaye ise Osmanlı Dönemi ile ilgilidir. Battal Gazi'nin askerleri ile Kızkulesi'ne baskın yaparak kuleye saklanan hazinelerin ve Üsküdar Tekfuru'nun kızını kaçırdığı ile ilgili hikayedir. Battal Gazi tekfurun kızı ve hazinelerini aldıktan sonra Üsküdar'dan atına atlayıp oradan uzaklaşmıştır. Çokça bilinen “Atı alan Üsküdar'ı geçti” lafı bu hikayeden gelir. Bu hikayeden günümüze gelen bir diğer şey de küçük kulemizin ismi ile ilgilidir. Diğer efsanelerdeki prenseslere de atfen Türkler buraya Kız Kulesi ismini vermişlerdir.